Основною технологічною ознакою виробництва біокефіру є використання спеціальних заквасочних препаратів прямого внесення, які складаються із термофільних і мезофільних молочнокислих лактококів (Streptococcus thermophilus, Lactococcus lactis, lactococcus cremoris), ацидофільних паличок (Lactobacillus acidophilus), біфідобактерій (Bifidobacterium bifidum).

Біокефір виготовляють резервуарним і термостатним способами.

При резервуарному способі виробництва прийняте молоко очищають, охолоджують до 4±2 °С і направляють на резервування. Резервування більше 4 годин не рекомендується. При зберіганні молока роблять контроль бактеріального обсіменіння за редуктазною пробою, якщо її показники за 3 – 4 години змінюються, молоко пастеризують при температурі 78±2 °С з витримкою 15 – 20 секунд і охолоджують до 4±2 °С.

Молоко нормалізують у потоці або у ємностях (за окремими рецептурами передбачається внесення стабілізаторів структури). Нормалізовану суміш підігрівають, очищають на відцентрових молокоочищувачах, гомогенізують при температурі 75±5 °С під тиском 10 – 20 МПа. Гомогенізовану суміш пастеризують при температурі 95±1 °С з витримкою 5 хвилин або при температурі 85±1 °С з витримкою 30 хвилин. Пастеризовану суміш охолоджують до температури заквашування 36±1 °С.

Пастеризовану охолоджену суміш направляють у резервуари для кисломолочних продуктів, де її заквашують заквасочними препаратами прямого внесення, призначеними для виробництва біокефіру. Процес сквашування проходить при температурі 36±1 °С протягом 10-12 годин. В кінці сквашування активна кислотність згустку має бути 4,5 – 4,4 (титрована кислотність 80 – 85 °Т).

Після сквашування отриманий згусток охолоджують, перемішують, направляють на розлив. Фасований продукт направляють на зберігання в холодильну камеру, де він охолоджується до температури 4±2 °С. Розфасований в герметичну упаковку і охолоджений до температури 4±2 °С біокефір зберігається протягом 14 діб. Для продукту розфасованого в скляну тару з алюмінієвими ковпачками термін придатності до споживання 7 діб.